Struktur organisasi Inspektorat Provinsi Papua berdasarkan Peraturan Gubernur Papua Nomor 55 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat Provinsi Papua terdiri atas:
1) Inspektur;
2) Sekretariat, terdiri dari:
a. Sub Bagian Program dan Pelaporan;
b. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian; dan
c. Sub Bagian Keuangan.
3) Inspektur Pembantu I;
4) Inspektur Pembantu II;
5) Inspektur Pembantu III;
6) Inspektur Pembantu IV;
7) Inspektur Pembantu Khusus;
8) Kelompok Jabatan Fungsional Auditor;
9) Kelompok Jabatan Fungsional Pengawas Penyelenggaraan Urusan Pemerintahan di Daerah; dan
10) Kelompok Jabatan Fungsional lainnya.
